Bioinformática ejercicio 18 de septiembre

1. Lee el siguiente primer:

http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly_primer

Explica:

¿Qué es la cobertura de secuenciación?

¿Qué utilidad tiene la ecuación Lander-Waterman?

¿Porqué se originan errores de ensamblado en regiones repetitivas?

¿Qué es un contig?

¿Qué es un scaffold?

¿Qué diferencia hay entre un ensamblador de tipo Greedy y un Overlap-layout-consensus?

¿Qué es un camino Hamiltoniano?

¿Qué es un camino Euleriano?

¿Qué es un k-mer?

¿Qué diferencias hay entre BAC y WGS?

2. Completa la tabla:

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1SZdaNRvO9NQKe1L9v–dlLfoGlQPlo0PI2dMHdjmbTc/edit?usp=sharing

3. Descarga e instala el programa FASTQC (buscalo en google), sigue las instrucciones de instalación. Descarga los archivos de lecturas siguientes:

sra_data.fastq.gz

sra_data2.fastq.gz

Corre el programa FASTQC con estos archivos.

¿Qué diferencias hay en la calidad entre los dos archivos?

Una de las muestras es de amplicones y otro es un genoma, puedes identificarlo?

4. Vamos a ensamblar el genoma de Escherichia coli TY-2482, para ello descarga los archivos de las lecturas:

reads.zip

Ahora descarga el programa velvet: (velvet-master.zip). Instálalo siguiendo las instrucciones del archivo README y cuando uses el comando “make” agrega la opción de utilizar k-meros de 51 pares de bases:

make MAXKMERLENGTH=51

Ahora instala el programa assembly stats (assembly-stats-master.zip).

Revisa el manual de velvet (https://github.com/dzerbino/velvet/wiki/Manual) y usa este programa para ensamblar las lecturas de E. coli. Lleva a cabo tres ensamblados, el primero con k de 31, luego 41 y finalmente con 51.

Observa las diferencias de los diferentes ensamblados con el programa assembly stats y describe cómo cambiaron las características del ensamblado con los diferentes valores de K. ¿Qué versión usarías como definitiva?

Publicado en: curso_bioinfo_2017

Bioinformática ejercicio 11 septiembre

Modelos ocultos de Markov

  1. Consulta el manual de HMMEr:

http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf

Describe las funciones relacionadas a hmmer:

hmmalign hmmconvert hmmlogo hmmscan hmmstat

hmmbuild hmmemit hmmpgmd hmmsearch

hmmc2 hmmfetch hmmpress hmmsim

Genera un modelo oculto de markov con el alineamiento generado la semana pasada (ejercicio 3) en hmmer

  1. Cuando tengas el alineamiento y el modelo oculto de markov, sube el modelo generado al siguiente servidor:

http://skylign.org/

Descarga el archivo PNG generado

Contesta:

¿Qué residuos pueden ser los más relevantes y en qué posición del alineamiento se encuentran?

  1. Descarga el genoma de Cupriavidus metallidurans (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Cupriavidus_metallidurans/representative/GCF_000196015.1_ASM19601v1/GCF_000196015.1_ASM19601v1_protein.faa.gz) y utiliza el modelo de markov que generaste en (1) para encontrar proteínas de esa familia.

Contesta:

¿Cuántas proteínas de tu familia encontraste en Cupriavidus metallidurans?

¿La frecuencia de estas proteínas en Cupriavidus metallidurans es distinta a la frecuencia en los genomas de Agrobacterium?

 

Búsqueda de ortólogos por mejor acierto recíproco

  1. Obten una lista de aciertos recíprocos entre 2 pares de genomas de Agrobacterium y posteriormente la lista de aciertos entre un genoma de Agrobacterium y Cupriavidus metallidurans. ¿Cuántos aciertos recíprocos encontraste en cada comparación?¿Existe algún patrón con respecto a la biología de los organismos?

Opcional: Recrea la figura 5(b) del artículo de Pushker de familias de proteínas de 2004 con el par de genomas que quieras.

 

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Biotecnología Tarea 2 (Transcripción)

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Bioinformática ejercicio 4 septiembre

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Tarea 1 Biotecnología 2018-1

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Bioinformática. Ejercicio 28 Agosto

Publicado en: curso_bioinfo_2017

Ejercicio BLAST agosto 2017

Formulario respuestas

Resumen del manual de blast

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279675/

Publicado en: curso_bioinfo_2017

Bioinformática. Tarea 2

Publicado en: curso_bioinfo_2017

Bioinformática. Tarea 1.

Estimad@s alumnos:

Completen el siguiente tutorial de Linux para que practiquen lo visto en clase.

http://ryanstutorials.net/linuxtutorial/

Por favor vayan adelantando la lectura de BLAST. Pueden descargar de la siguiente liga:

https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTnbS01OUNpMTFJWDQ/view?usp=sharing

En la parte inferior encontrarán el formulario en donde pegarán sus respuestas de la tarea. Recuerden, tienen que incluir tanto la respuesta como el procedimiento para llegar a la misma. El formulario se cerrará el 13/08/17 a las 11:59 p.m.

Publicado en: curso_bioinfo_2017

Examen parcial Biotecnología

Puedes contestar el examen en este sitio o en la siguiente liga

Publicado en: 2017-2 Biotecnología

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