Anotación con M5NR

Actividades:

 

  1. Leer el artículo del M5NR
  2. Descargar el archivo con los archivos de esta clase
  3. La base de datos de anotación es el archivo clase.fasta que es una versión local del M5NR
  4. Utilizar el proteoma de Agrobacterium H13
  5. Sigue las siguientes instrucciones

 

Prueba hacer un heatmap con las funciones recien anotadas:

 

El heatmap se puede definir como: Una representación gráfica de datos donde los valores individuales se contienen en una matriz representada como colores (definición completa aquí). Es muy útil para analizar y agrupar, lo uso principalmente para comparar perfiles de genes, especies. Un par de ejemplos de la vida real (http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/332/figure/F4 , http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/332/figure/F3 este es muy parecido al que vamos a obtener aquí).

Pasos previos, instalar R y las bibliotecas gplots y RColorBrewer Desde R para instalar las bibliotecas:

install.packages("gplots")
install.packages("RColorBrewer")

1. Cargar el archivo:

histericograma <- read.table ("heat.data", header=TRUE, row.names=1, sep="\t")

El archivo usado para este heatmap es este: ARCHIVO), sustituirlo por el archivo que uno quiera analizar.

2. Cargar las bibliotecas:

library (gplots)
library (RColorBrewer)

3. Asignar una paleta de color:

coloritos <- colorRampPalette(brewer.pal(9, "PuOr"))

4. Primer plot:

heatmap.2  (as.matrix(histericograma), key=T, symkey=F, trace="none", scale="column", 
col=coloritos, dendrogram = c("column"), Rowv=T, keysize=2, cexRow=0.5,  cexCol=0.5)


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Publicado en: 2017 Bioinformática