Bioinformática 30 de octubre

Alineamiento de genomas

Vamos a hacer alineamientos entre todos los genomas de las especies de Agrobacterium y tratar de determinar quienes son los más parecidos entre sí (visualmente).  Para este objetivo vamos a utilizar el programa MUMmer.

Consulte la publicación de MUMmer 3:

Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C, et al. Versatile and open software for comparing large genomes. Genome Biol. 2004;5: 0. Available: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=14759262

El manual se encuentra en la siguiente dirección:

http://mummer.sourceforge.net/manual/

En esta ocasión les damos permiso de instalar desde los repositorios:

sudo apt-get install mummer

sudo apt-get install gnuplot-x11

Ejercicios

  1. Alinee los genomas de Agrobacterium completos todos contra todos (por pares) usando nucmer y graficalos, puede guiarse de los ejemplos que se proponen en el manual, conviene que revise para qué sirve cada comando. Interprete brevemente cada comparación usando esta guía: http://mummer.sourceforge.net/manual/AlignmentTypes.pdf
  2. Descargue el siguiente genoma (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Escherichia_coli/latest_assembly_versions/GCF_000005845.2_ASM584v2/GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz)  y utilice nucmer para alinearlo contra el genoma de Agrobacterium que desee. Grafique los resultados.
  3. Alinee el mismo genoma con promer, en lugar de nucmer. Grafique los resultados.
  4. Experimente con las opciones mummerplot (-l , -c, -S, -t, etc.).
  5. ¿Qué puede concluir de la comparación entre usar nucmer y promer en la comparación entre E. coli y Agrobacterium?

 

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Publicado en: 2017 Bioinformática

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