bioinformática 2017 filogenia

Vamos a practicar los conceptos de filogenia. Los datos a utilizar los pueden descargar de la siguiente dirección:

Después de descargarlos podemos comenzar con un clásico de los análisis filogenéticos: Phylip.

Pueden revisar este manual que hizo nuestro amigo el Dr. Pablo Vinuesa:

http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/Cursos2RMBF/PDFs/C1/Tutorial_Pablo_Vinuesa_uso_paqute_Phylip.pdf

Hagan los pasos hasta conseguir un arbol de NJ

Ahora bien, una herramienta muy utilizada es MEGA y hay una versión que funciona para linux, descarga el archivo de instalación del archivo disponible de los descargables anteriores:

megacc_7.0.7-1_amd64.deb #solo para 64 bits puedes revisar en la página de MEGA si hay otras versiones.

Para instalar, necesitas permisos de root y se hace así:

$sudo dpkg -i megacc_7.0.7-1_amd64.deb

Después puedes revisar el manual de instalación y operación aquí:

http://www.megasoftware.net/MEGA7-CC-Quick-Start-Tutorial.pdf

Ahora, en megacc y con ayuda de megaproto:

Calcula una matriz de distancias

Elabora un arbol de NJ

Elabora un árbol de ML

Elabora un árbol de MP

Elabora el mismo árbol NJ con 500 bootstraps

Visualiza los resultados con treeview y dendroscope.

Si quieres saber que secuencia utilizaste aquí estan los identificadores:

http://www.uniprot.org/docs/speclist

Share and Enjoy

  • Facebook
  • Twitter
  • Google Plus
  • Email
Publicado en: 2017 Bioinformática

Translate into your language:



Visitas (desde 2012)

0165465
Visit Today : 12