Bioinformática predicción de genes no codificantes 2 de octubre 2017

Predicción de genes no codificantes:

1. Descarga el código fuente de tRNAScanSE:

wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz

, el artículo lo puedes consultar en: http://nar.oxfordjournals.org/content/25/5/0955.abstract?sid=c28dd9c3-943e-44d4-99fe-15ee8a5ac051

2. Descomprime el archivo

3. Entra al directorio de tRNAscan-SE

4. Ejecuta un ls -lh y guarda la salida a un archivo

5. Ejecuta el comando

make

6. Ejecuta el comando

make install

 

Al finalizar les pide que agreguen las variables del sistema al final del archivo /home/estudiantes/.bashrc

 

export PATH=$PATH:/home/estudiante/bin

export PERl5LIB=”$PERl5LIB:/home/estudiante/bin”

export MANPATH=”$MANPATH:/home/estudiante/bin”

abre el script /home/estudiante/bin/tRNAscan-SE con un editor de texto plano (como mousepad) y en la línea número 28 agrega esta línea:

use lib “/home/estudiante/bin”;

7. vuelve a hacer un ls -lh y guarda la salida a un nuevo archivo

8. Utiliza el comando diff y di que diferencia hay entre el archivo (4) y (7)

9. Ejecuta tRNAScan sobre el cromosoma elegido anteriormente en (4; ejercicio 1)

10. Del artículo que bajaste en 1 describe con tus palabras la figura 1

UTILIZA CUALQUIER ARCHIVO FASTA DE GENOMA COMPLETO (*.fna)

11. De las opciones de tRNAScan, que diferencia hay entre usar el calificador -i y -C?

12. ¿Qué es un modelo de covarianza?

13. Con el calificador -f genera la predicción de las estructuras secundarias.

14. Copia 1 secuencia generada en (13) y pegala en el siguiente servidor:

http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

Usa los parámetros por defecto y manda una búsqueda

15. Copia la primer figura de los análisis generados en 14 y comparala con los archivos generados en (13).

Búsqueda y alineamiento estructural de los 16S rRNA

1. Descarga SSU-align http://eddylab.org/software/ssu-align/ssu-align-0.1.1.tar.gz

2. Descomprime el archivo, entra a la carpeta

3. Lee las instrucciones de instalación (cat INSTALL)

4. Para instalar sin permisos de ROOT (su, sudo):

./configure –prefix=/home/$TU_USUARIO/bin

5. Instala, ten cuidado de actualizar ~/.bashrc con las instrucciones que salen al final de la instalación

6. Concatena todos los archivos frn

7. Corre ssu-align sobre los archivo frn

8. Ejecuta ssu-draw sobre la carpeta generada en (7)

9. Explora los archivos generados en la carpeta. Haz una lista del contenido de cada archivo en la carpeta, lo que entiendas que puede ser.

10. Visualiza el pdf generado y que es lo que se observa.

11. Compara tus respuestas de (9) con lo que dice el manual: ftp://selab.janelia.org/pub/software/ssu-align/Userguide.pdf

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Publicado en: blog