Diversidad de especies: Nuevo marco de analisis

Este nuevo marco de analisis de diversidad emplea los números de Hill como medidas de diversidad. Los números de Hill o número efectivo de especies son transformaciones de otras medidas de diversidad que permite trabajar con valores comparables entre muestras. En este protoloco se trabaja con 3 ordenes. Número de Hill de orden 0 (q=0) el cual le da el mismo peso a todas las especies (riqueza observada), de orden 1 (q=1) que le da peso a las especies comunes (exp(diversidad de Shannon)) y de orden 2 (q=2) que le da más peso a las especies abundantes  (1/índice de Simpson)).

El análisis de diversidad con base en este método constan de tres tipos de análisis que son facilitados con la paquetería de R llamada iNEXT:

  1. Se construyen curvas de rarefaction/extrapolation: emplea algoritmos que permite extrapolar las curvas de acumulación de especies con el objetivo de comparar al un mismo tamaño de muestreal pero sin perder muestra. Esta extrapolación se construye con base en el estimador asinptótico Chao y emplea los a los número de Hill, como medida de diversidad.
  2. Construye curvas de cobertura de muestra: estas curvas permiten hacer comparaciones, ahora, en lugar de unificando el número de muestras, unificando el nivel de muestreo de los grupos a comparar. Estas curvas también pueden ser extrapoladas en número de muestra para incrementar la cobertura de muestreo.
  3. Analysis asymptótico: Nos genera el resultado de Chao1 (para data de abundancia) y Chao2 (para data de incidencia), que nos permite conocer la diversidad para cada una de los ordenes de los números de Hill en el esenario de un muestreo exahustivo (en decir en donde todos los singletons se hayan transformado al menos a doubletons).

Todas estas medidas estan acompanadas por sus intervalos de confianza (con nivel a definir) basados bostraping a un número de repeticiones dado, lo cual nos permite establecer comparaciones entre sitios/grupos, etc.

Estos tres analisis permiten entender de una manera intregral, robusta y sin despedicio de muestra la diversidad de una o varias comunidades.

Hsieh, T. C., K. H. Ma, and Anne Chao. “iNEXT: an R package for rarefaction and extrapolation of species diversity (Hill numbers).” Methods in Ecology and Evolution 7.12 (2016): 1451-1456.

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Publicado en: blog

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