Dra. Valeria F. Souza Saldívar

     
 souza  
Laboratorio: Evolución Molecular y Experimental
Investigadora Titular "C"
Departamento de Ecología Evolutiva
Teléfono: 5622-9006
E-Mail: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. (souza en unam.mx)
web page:
   
     

  Investigación

La Dra. Souza ingreso a la Facultad de Ciencias, UNAM en 1979 para obtener, en 1983, el grado de Bióloga. Posteriormente, en la misma facultad, obtuvo en 1985 el grado de Maestría en Ciencias (Biología). Curso el doctorado en el Centro de Ecología , UNAM, obteniendo en 1990 el grado de Doctor en Ecología. Su primera estancia postdoctoral fue en el Departamento de Ecology and Evolutionary Biology, University of California in Irvine, EUA con un segundo periodo en el Center for Microbial Ecology. Michigan State University, EUA hasta febrero 1993.

     El área de trabajo de la Dra. Souza es la Ecología Evolutiva y la Evolución Molecular de los Microorganismos y trabaja con la pregunta: ¿porqué hay tantas especies? Es decir, cuales son los procesos evolutivos, fisiológicos y ecológicos que separan a los organismos que forman poblaciones hasta convertirlos en especies, así como entender cómo varias especies similares pueden coexistir en un sitio particular y saber qué redes de interacciones forman.

     A lo largo de su carrera científica y hasta la fecha, ha publicado 94 artículos de investigación en revistas arbitradas internacionales. Sus publicaciones tiene 2,550 citas excluyendo todo tipo de auto citas. Ha producido 12 Capítulos en libros, un libro co-editado y un texto de biología para 5º de prepa programa UNAM con ediciones Macmillan,19 Artículos en revistas nacionales, muy numerosos trabajos no arbitrados y memorias de congresos, 65 Conferencias Internacionales por invitación. Simultáneamente ha impartido alrededor de 58 cursos de 19 materias en la UNAM y el INAH, tanto en posgrado como en licenciatura. Sus distinciones incluyen una fellowship de la fundación MacArthur, el Premio Nacional de Conservación, categoría investigación otorgado por SEMARNAT en 2006, el Premio VW por amor al planeta 2010 y el Aldo Leopold Fellowship otorgado por el Instituto Woods de Stanford, CA, EUA. Ha dirigido dirijido tesis de diferentes niveles: 12 concluidas de licenciatura, 6 de maestría y 12 de doctorado.

    Formación Académica

 FORMACIÓN ACADÉMICA

Licenciatura: Facultad de Ciencias, UNAM.1979-1983 Bióloga.

Maestría: Facultad de Ciencias , UNAM.1983-1985. Maestría en Ciencias (Biología).

Doctorado: Centro de Ecología , UNAM.1985-1990. Doctor en Ecología. Tesis profesional: Genética y ecología de poblaciones de Rhizobium leguminosarum biovar phaseoli asociado a Phaseolus vulgaris y a P. coccineus cultivado y silvestre, en Morelos, México.

Estancia postdoctoral en el Departamento de Ecology and Evolutionary Biology, University of California in Irvine, USA. Laboratorio del Dr. R. Lenski, de Septiembre 1990 hasta julio 1992.

     Estancia postdoctoral en el Center for Microbial Ecology. Michigan State University. USA. en
el laboratorio del Dr. R. Lensky de agosto 1992 hasta febrero 1993.

     Ingreseé como investigador asociado "C" en 1993 y actualmente soy Investigador Titular "C" de Tiempo Completo Instituto de Ecología UNAM, Departamento de Ecología Evolutiva. Laboratorio de Evolución molecular y experimental desde diciembre 2001. Fui Secretaria Académica del Instituto de Ecología UNAM de.

     He impartido alrededor de 60 cursos de 17 materias en UNAM e INAH tanto en posgrado como en licenciatura.

Responsable de 16 proyectos con financiamiento nacional e internacional.

Producción científica :

  • 92 Artículos de investigación publicados en revistas arbitradas internacionales, y 7 enviados.
  • Mas de 1800 citas.
  • Nueve capítulos en libros.
  • Un libro coeditado y otro en publicación (texto de biología para quinto de prepa programa UNAM con ediciones Macmillan).
  • 19 Artículos en revistas nacionales.
  • 126 Trabajos no arbitrados y memorias de congresos.
  • 50 Conferencias Internacionales (por invitación).

 

  Publicaciones

  1. Gomez-Arroyo S. and V. Souza (1985) In vitro occupational induction of sister chromatid exchanges in human lymphocytes with furfural and furfurilic alcohol. Mutation Research, 156, 233-238 (13 citas). Impacto revista 1.868.
  2. Souza, V. and M. Puig (1987) Cytogenetic study in a group of workers exposed to thinner. Mutation Research, 189, 357-362. (4 citas) Impacto revista 1.868.
  3. Souza, V., T. T. Nguyen, D. Hudson, D. Piñero and R. E. Lenski (1992). Hierarchical analysis of linkage disequilibrium in Rhizobium populations: Evidence for sex?. Proceedings of the National Academy of Science USA, 89, 8389-8393. (111 citas). Impacto revista 10.7.
  4. Souza, V., L.E. Eguiarte, G. Avila, C. Gallardo, R. Capello, J. Montoya and D. Piñero (1994). Genetic structure of Rhizobium associated with wild and cultivated beans. Applied and Environmental Microbiology. 60, 1260-1268. (38 citas). Impacto revista 3.691.
  5. Lenski, R., V. Souza, L. P. Duong, Q. G. Phan, Thrinh, N. M. Nguyen, and K. P. Beltran (1994). Epistatic effects of promoter and repressor functions of the Tn10 tetracycline resistance operon on the fitness of Escherichia coli K12. Molecular Ecology 3, 127-135. (11 citas). Impacto revista 3.014.
  6. Turner, P., V. Souza y R. Lenski (1996) Test of ecological mechanisms promoting the stable coexistence of recombinant bacterial genotypes. Ecology 77: 2119-2129. (36 citas), Impacto revista 3.918.
  7. Souza, V., P. Turner and R. Lenski. (1997) Long-term experimental evolution in Escherichia coli IV: effects of recombination with exogenous genotypes on evolutionary dynamics. Journal of Evolutionary Biology 10: 743-769. (7 citas) Impacto revista 2.658.
  8. Souza, V., J. Bain, C. Silva, V. Bouchet, E. Márquez y L. Eguiarte (1997). Etnomicrobiology: do agricultural practices modify the population structure of the nitrogen fixing bacteria Rhizobium etli? Journal of Etnobiology. 17: 249-266. (8 citas). No indexada.
  9. Souza, V., and L. Eguiarte (1997) Bacteria gone native vs. bacteria gone awry?: Plasmidic transfer and bacterial evolution. Proceedings of the National Academy of Science USA, 94: 5501-5503. (16 citas). Impacto revista 10.7.
  10. García-Franco, J. G., V. Souza, L. E. Eguiarte and V. Rico- Gray (1998) Population genetics of the tropical holoparasitic endophyte Bdallophyton bambusarum. Plant Systematics and Evolution.210: 271-288. (1 cita) Impacto revista 1.114.
  11. C. Silva, L. Eguiarte and V. Souza. (1999) Spatial analysis of Rhizobium etli biovar phaseoli in a traditionally mananged locality in Mexico. Molecular Ecology 8: 277-288. (24 citas). Impacto revista 3.014.
  12. Souza, V. M. Rocha, A. Valera and L.E. Eguiarte (1999) Genetic structure of natural populations of Escherichia coli in wild hosts on different continents. Applied and Environmental Microbiology 65: 3373-3385 (91 citas). Impacto revista 3.691
  13. Souza, V. M. Rocha, A. Valera and L.E. Eguiarte (2000) Letter to the editor concerning the publication "Genetic structure of natural populations of Escherichia coli in wild hosts on different continents." Applied and Environmental Microbiology. 66(11):5104-5105. Impacto revista 3.691
  14. Peek A. S., V. Souza, L. E. Eguiarte and B. S. Gaut (2001) Selection and recombination at the type 1-fimbrial major subunit (fimA) in natural isolates of Escherichia coli. Journal of Molecular Evolution. 52: 193-204 Impacto revista 3.401 (21 citas).
  15. Sandner, L., L. Eguiarte, A. Navarro, O. Rodríguez, A. Cravioto and V. Souza. (2001) An analysis of the elements of the locus of enterocyte effacement in human and wild mammal isolates of Escherichia coli: evolution by assemblage or deconstruction? Microbiology 147: 3149-3158. Impacto revista 2.897.(6 citas)
  16. V. Souza, A. Castillo, L. Sandner, M. Rocha, C. Silva, E. Mancera y L. E. Eguiarte. (2001) Ecología evolutiva de Escherichia coli. Interciencia 26: 513-517. Impacto revista 0.125 (2 citas)
  17. Solís-Guzmán G., J. Ramírez-Santos, V. Souza and M. C. Gómez-Eichelmann (2001) Analysis of the regulatory region of gene rpoH of Escherichia coli strains isolated from different non-human hosts. Fems microbiology Letters 205: 191-196. Impacto revista 1.804
  18. V. Souza, M. Travisano, P. Turner & L. E. Eguiarte (2002). Does experimental evolution reflect patterns in natural populations? Comparison of E. coli strains from long-term studies to those from wild isolates. Antoine van Leeuwenhoek. 81: 143-153. Impacto revista 0.988.
  19. C. Mesa-Arango, M. R. Reyes-Montes, A. Perez-Mejia, H. Navarro-Barranco, V. Souza, G. Zúñiga y C. Toriello (2002). Pheno and genotyping of Sporonthrix schenckii according to the geographic origin of isolates and clinical form of Sporotrichosis. Journal of Clinical Microbiology 40 (8): 3004-3011. Impacto revista 3.565 (14 citas)
  20. V. Souza, A. Castillo and L. E. Eguiarte, 2002. Evolutionary ecology of Escherichia coli. American Scientist 90: 332-341. Impacto revista 1.337 (2 citas).
  21. C. Silva, P. Vinuesa, L. E. Eguiarte, E. Martínez-Romero and V. Souza. 2003. Rhizobium etli and Rhizobium gallicum nodulate common bean in a traditionally managed milpa plot in Mexico: population genetics and biogeographic implications. Applied and Environmental microbiology 69: 884-893. Impacto revista 3.691. (15 citas)
  22. L. E. Eguiarte, A. Castillo y V. Souza. 2003. Evolución molecular y genómica en angiospermas, Interciencia 28: 1-8. Impacto revista 0.125
  23. Ivana Bjedov, Olivier Tenaillon, Bénédicte Gérard, Valeria Souza, Erick Denamur, Miroslav Radman, François Taddei, and Ivan Matic. 2003. Stress-Induced Mutagenesis in Bacteria. Science 300: 1404-1409. Impacto revista 26.682.
  24. P. Maravilla, V. Souza, A. Valera, Y. López-Vidal, J. Ambrosio S. Kawa, J.L. Dominguez-Alpizar and A. Flisser. 2003. Genetic variation in Taenia solium isolates. J. Parasitology. 89: 1250-1254. Impacto revista 1.828
  25. P. Maravilla, V. Souza, A. Valera, Y. López-Vidal, M. Matínez-Gordillo and A. Flisser. 2003. Isozyme analysis in Taenia solium isolates from Mexico and Colombia. Memorias do instituto Oswaldo Cruz. 98: 1049-1050. Impacto revista 0.828
  26. Amanda Castillo-Cobián, Luis E. Eguiarte, and Valeria Souza. 2005 A genomic population genetics analysis of the pathogenic LEE island in E. coli: in search of the unit of selection. Proceedings of the National Academy of Science. 102: 1542-1547. Factor de impacto 10.5 (23 citas)
  27. Ana M. Noguez, Héctor T. Arita, Ana E. Escalante, Larry Forney, Felipe García-Oliva, Valeria Souza. 2005 Highly structured prokaryotic soil communities in a tropical dry forest. Global ecology and Biogeography. 14, 241–247. Factor de impacto 3.2
  28. James J.Elser, John H. Schampel, Ferran Garcia-Pichel, Brian D. Wade, Valeria Souza, Luis Eguiarte, Ana Escalante, and Jack D. Farmer. 2005. Effects of phosphorus enrichment and grazing snails on modern stromatolitic microbial communities. Freshwater Biology 50: 1808-1825. Factor de impacto 2.2 (6 citas)
  29. Claudia Silva, Pablo Vinuesa, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza and Esperanza Martínez-Romero 2005. Evolutionary genetics and biogeographic structure of Rhizobium gallicum sensu lato, a widely distributed bacterial symbiont of diverse legumes. Molecular Ecology.14: 4033-4050. Factor de impacto 2.4
  30. Andrés Velasco-Villa1, Lillian Orciari1, Valeria Souza, Víctor Juárez-Islas, Mauricio Gómez-Sierra, Gustavo Hernández-Rodríguez, Amanda Castillo Ana Flisser and Charles E. Rupprecht. 2005 Molecular Epizootiology of Rabies Associated with Terrestrial Mammals in Mexico. Virus Research, 111: 13-27. Impacto 2.1.
  31. S. V. Good-Avila, V. Souza B. Gaut and L. E. Eguiarte. 2006. Timing and Rate of speciation in Agave (Agavaceae). PNAS, 103: 9124-9129. Factor de impacto 10.9
  32. M. Rocha, S. V. Good-Avila, F. Molina-Freaner, H. Arita, A. Castillo, A. Garcia-Mendoza, A. Silva-Montellano, B. Gaut, V. Souza y L. Eguiarte. 2006. Pollination Biology and Adaptative radiation of Agavaceae, with special emphasis on the genus Agave. Aliso: 22, 327-342.
  33. Valeria Souza, Laura Espinosa, Ana Escalante, Luis E. Eguiarte, Jack Farmer, Larry Forney, Lourdes Lloret, J. M Rodríguez Martínez, Xavier Soberon, Rodolfo Dirzo y James J. Elser. 2006 An endangered oasis of aquatic microbial biodiversity in the Chihuahua desert. PNAS 103: 6566-6570. Factor de impacto 10.9
  34. Andrés Velasco-Villa, Lillian Orciari, Víctor Juárez-Islas, Mauricio Gómez-Sierra, Irma Padilla, Ana Flisser, Valeria Souza Amanda Castillo, Richard Franka, Maribel Escalante, Isaías Sauro and Charles E. Rupprecht. 2006, Molecular Diversity of rabies viruses associated with bats in Mexico and other countries of the americas. Journal of Clinical Microbiology.44: 1697-1710. Factor de impacto 3.9
  35. Tecilli Cabellos-Avelara, Valeria Souza, Jorge Membrillo-Hernández. 2006. Spent media from cultures of environmental isolates of Escherichia coli can suppress the deficiency of biofilm formation under anoxic conditions of laboratory E. coli strains. Fems Ecology. 58: 414-424. Factor de impacto 2.95.
  36. Douglas B. Rusch, Aaron L. Halpern, Karla Heidelberg, Shannon Williamson, Shibu Yooseph, Jonathan Eisen, Jeff Hoffman, Charles H. Howard, Cyrus Foote, Brooke A. Dill, Karin Remington, Karen Beeson, Bao Tran, Hamilton Smith, Cindy Pfannkoch, Granger Sutton, John Heidelberg, Terry Utterback, Yu-Hui Rogers, Chris Miller, Luisa Falcon, Valeria Souza, Luis E. Eguiarte , German Bonilla, Ken Nealson, Shubha Sathyendranath, Trevor Platt, Eldredge Bermingham, Victor Gallardo, Giselle Tamayo, Robert Friedman, Marvin Frazier, Robert Strausberg, J. Craig Venter ,2007, The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: I. Halifax through the Galapagos PLoS Biology Vol. 5, No. 3, e77 doi:10.1371/journal.pbio.0050077, Factor de impacto 14.9
  37. L.I. Falcón, R. Cerritos, L. Eguiarte, V. Souza. 2007, Nitrogen Fixation in Microbial Mat and Stromatolite Consortia from Cuatro Ciénegas, México. Microbial Ecology, 54: 363-373 Factor de impacto 3.9
  38. René Cerritos, Pablo Vinuesa, Luis Eguiarte, Luis Herrera-Estrella, Luis D. Alcaraz-Peraza, Jackeline L. Arvizu-Gómez, Gabriela Olmedo, Janet Siefert and Valeria Souza Bacillus coahuilensis sp. nov. a new moderately halophilic species from different ponds in the Cuatro Ciénegas Valley in Coahuila, México. (2008). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 58 919-923. Factor de impacto 2
  39. J.Diaz Mejia, C. F. Amabile, I. Rosas y V. Souza 2008, An analysis of the evolutionary relationships of integron integrases with emphasis on the prevalence of class 1 integrons in Escherichia coli isolates from clinical and environmental origins. Microbiology, 154, 94–102 . Factor de impacto 0.9
  40. Christelle Goregues Desnues, Beltran Rodriguez-Brito, Steven Rayhawk, Scott Kelley, Tuong Tran, Matthew Haynes, Hong Liu, Dana Hall, Florent E. Angly1, Robert A. Edwards, Rebecca Vega Thurber, Mya Breitbart, Janet Siefert, Valeria Souza, Pamela Reid and Forest Rohwer. 2008. Endemism of viruses in modern stromatolites and thrombolites. Nature. 452:340-342. Factor de impacto 27.9
  41. Ana M. Noguez, Ana E. Escalante, Valeria Souza, Larry Forney, Felipe Garcia-Oliva 2008. C and N dynamics, and microbial communities within soil aggregates in a tropical deciduous forest", Biogeochemistry. Factor de impacto 4.1
  42. Ana E. Escalante, Luis E. Eguiarte, Laura Espinosa-Asuar, Larry J. Forney, Ana M. Noguez and Valeria Souza, 2008 “Diversity of aquatic prokaryotic communities in the Cuatro Cienegas basin” FEMS ecology. 65: 50-60. Factor de impacto 2.9
  43. Luis David Alcaraz, Gabriela Olmedo, Germán Bonilla, René Cerritos, Gustavo Hernández, Alfredo Cruz, Enrique Ramírez, Catherine Putonti6, Beatriz Jiménez, Eva Martínez, Varinia López, Jacqueline L. Arvizu, Francisco Ayala, Francisco Razo, Juan Caballero, Valeria Souza, Janet Siefert, Luis Eguiarte, Jean-Philippe Vielle, Octavio Martínez, Alfredo Herrera-Estrella, Luis Herrera-Estrella. The genome of Bacillus coahuilensis reveals adaptations essential for survival in the relic of an ancient marine environment. PNAS 105:5803-5808. Factor de impacto 10.9
  44. Valeria Souza, Luis Eguiarte, Janet Siefert James J. Elser, Perspective by invitation. Microbial endemism: does extreme nutrient limitation enhance speciation? 2008, Nature Review Microbiology 6: 559-564. Factor de impacto 14.9
  45. Luisa I Falcón, Laura Espinosa-Asuar, Valeria Souza, Luis E. Eguiarte and Ana M. Noguez. 2008. Spatial and environmental structuring patterns for surface ocean bacterioplankton assemblages: evidence of biogeography. Marine Genomics (revista nueva sin factor de impacto todavia) 1: 55-61
  46. Mya Breitbart, Ana Hoare, Anthony Nitti, Janet Siefert, Matthew Haynes, Elizabeth Dinsdale, Robert Edwards, Valeria Souza, Forest Rohwer, David Hollander. 2009. Microbial Communities Associated with Carbonate Biomineralization in Modern Freshwater Microbialites. Microbial ecology 11: 16-34. Factor de impacto 2.8
  47. E. Escalante, J. Caballero-Mellado, L. Martinez-Aguilar, A. Rodriguez-Verdugo, A. Gonzalez-Gonzalez, J. Toribio-Jimenez and V. Souza. 2009. Pseudomonas cuatrocienegasensis sp. nov., isolated from an evaporating lagoon in the Cuatro Cienegas valley in Coahuila, Mexico. Int J Syst Evol Microbiol ; 59: 1416 – 1420. factor de impacto 2.7
  48. M. Rojas-Oropeza, L. Dendooven, L. Garza-Avendaño, V. Souza, L. Philippot, N. Cabirol. 2010. Effects of biosolids application on nitrogen dynamics and microbiol structure in a saline–sodic soil of the former Lake Texcoco (Mexico). Bioresource Technology. en linea Factor de Impacto 4.5
  49. Luis David Alcaraz, Gabriel Moreno-Hagelsieb, Valeria Souza Luis Herrera-Estrella, Gabriela Olmedo. 2010. Understanding the evolutionary relationships and major traits of Bacillus through comparative genomics. BMC Genomics 11:332
  50. Luis Lozano, Patricia Bustos, Ismael Hernández-González, Rosa I. Santamaría, Valeria Souza, Guillermo Dávila y Víctor González. 2010. Evolutionary Dynamics of Insertion Sequences in relation to the Evolutionary Histories of the Chromosome and Symbiotic Plasmid of Rhizobium etli Populations. Applied and Environmental microbiology 76 (19) 6504
  51. René Cerritos, Luis E. Eguiarte, Morena Avitia, Janet Siefert, Michael Travisano, Alejandra Rodríguez-Verdugo and Valeria Souza, 2010. Diversity of culturable thermo-resistant aquatic bacteria along an environmental gradient in Cuatro Cienegas, Coahuila, México. Antonie van Leeuwenhoek International Journal of General and Molecular Microbiology en linea. DOI 10.1007/s10482-010-9490-9
  52. Moreno-Letelier Alejandra, Olmedo Gabriela, Eguiarte Luis E., Martínez-Castilla León and Souza Valeria. 2010. Parallel evolution and horizontal gene transfer of the pst operon in Bacillus from oligotrophic environments. International Journal of Evolutionary Biology. En linea.
  53. Julia Domínguez, Yislem Beltrán, Birgitta Bergman, Beatriz Díez, Karolina Ininbergs, Valeria Souza, Luisa I Falcón. 2011. Morphologic, phylogenetic and molecular clock inferences of cyanobacterial strains within Rivulariaceae from distant environments. Fems microbiology letters.316:90-99 .OI: 10.1111/j.1574-6968.2010.02195.x
  54. Jeiry Toribio, Ana E Escalante; Jesús Caballero-Mellado; Andrea González-González; Sergio Zavala; Valeria Souza; Gloria Soberón-Chávez. 2011. Characterization of a novel biosurfactant producing Pseudomonas koreensis lineage that is endemic to Cuatro Ciénegas Basin. Systematic and Applied Microbiology. Systematic and Applied Microbiology. 34: 531–535doi.org/10.1016/j.syapm.2011.01.007,
  55. Luis E. Eguiarte, Erika Aguirre-Planter, Xitlali Aguirre, Ricardo Colín, Andrea González, Martha Rocha, Enrique Scheinvar, Laura Trejo and Valeria Souza. 2012. From isozymes to genomics: Population genetics and conservation of Agave in México. En prensa. Memoirs of the New York Botanical Garden.
  56. Mariana Peimbert Luis David Alcaraz, Ismael Hernandez, Gabriela Olmedo, Felipe García-Oliva, Lorenzo Segovia, Germán Bonilla, Luis E. Eguiarte and Valeria Souza. Extreme Redfield ratios, metagenomic and microbial diversity analyses of a seasonal shallow red pool in Cuatro Cienegas Coahuila, Mexico. Astrobiology 12 (7) 648-658
  57. Valeria Souza, Janet Siefert, Jim Elser and Luis Eguiarte. The Cuatro Cienegas Basin in Coahuila, Mexico: an astrobiological Precambrian park. Minireview, Astrobiology 12 (7) 641-647.
  58. Moreno-Letelier Alejandra, Olmedo Gabriela, Eguiarte Luis E. and Souza Valeria. Divergence and phylogeny of Firmicutes from the Cuatro Cienegas Basin, Mexico. Astrobiology 12 (7) 674-684.
  59. Diego Emiliano Jimenez-Gonzalez, Williams Arony Martinez-Flores, Jesus Reyes- Gordillo, Maria Elena Ramirez-Miranda, Sara Arroyo-Escalante, Mirza Romero- Valdovinos, Damien Stark, Valeria Souza-Saldivar, Fernando Martinez-Hernandez, Ana Flisser, Angelica Olivo-Diaz y Pablo Maravilla. 2012. Only Blastocystis infection is associated with irritable bowel syndrome in a Mexican patient population. Parasitology Research 110: 1269-1275.
  60. Ann Reid et al., Microbial Evolution. White paper, Report of the coloquium convened by the American Academy of Microbiology on San Christobal, Ecuador. ASM press, 2011.
  61. Germán Bonilla-Rosso, Mariana Peimbert, Luis David Alcaraz, Ismael Hernández, Luis E Eguiarte, Gabriela Olmedo-Alvarez, Valeria Souza. 2012. Comparative metagenomics of two microbial mats at Cuatro Ciénegas Basin II: community structure and composition in oligotrophic environments. Astrobiology 12 (7) 659-673. doi:10.1089/ast.2011.0724.
  62. Eria A Rebollar, Morena Avitia, Luis E Eguiarte, Andrea González?González, Lucy Mora, Germán Bonilla?Rosso, Valeria Souza, 2012 Water–sediment niche differentiation in ancient marine lineages of Exiguobacterium endemic to the Cuatro Cienegas Basin.Environmental Microbiology. 2323–2333, DOI: 10.1111/j.1462-2920.2012.02784.x
  63. NE López-Lozano, LE Eguiarte, G Bonilla-Rosso, F García-Oliva, C Martínez .Luis Eguiarte, Valeria Souza, 2012. Bacterial Communities and the Nitrogen Cycle in the Gypsum Soils of Cuatro Ciénegas Basin, Coahuila: A Mars Analogue. Astrobiology 12 (7), 699-709. doi:10.1089/ast.2012.0840.
  64. Anthony Nitti, Camille A Daniels, Janet Siefert, Valeria Souza, David Hollander, Mya Breitbart. 2012 Spatially resolved genomic, stable isotopic, and lipid analyses of a modern freshwater microbialite from Cuatro Ciénegas, Mexico. Astrobiology 12(7) 685-698. doi:10.1089/ast.2011.0812
  65. Rocío-Anaís Pérez-Gutiérrez, Varinia López-Ramírez, África Islas, Luis David Alcaraz, Ismael Hernández-González, Beatriz Carely Luna Olivera, Moisés Santillán, Luis E Eguiarte, Valeria Souza, Michael Travisano, Gabriela Olmedo-Alvarez, 2012, Antagonism influences assembly of a Bacillus guild in a local community and is depicted as a food-chain network. ISME journal, on line. doi:10.1038/ismej.2012.119
  66. Alejandra Rodríguez-Verdugo, Valeria Souza, Luis E Eguiarte, Ana E Escalante. 2012. Diversity across Seasons of Culturable Pseudomonas from a Desiccation Lagoon in Cuatro Cienegas, Mexico. International Journal of Microbiology.Volume 2012 (2012),doi:10.1155/2012/201389.
  67. Andrea González-González, Luna L Sánchez-Reyes, Gabriela Delgado Sapien, Luis E Eguiarte, Valeria Souza, 2012, Hierarchical clustering of genetic diversity associated to different levels of mutation and recombination in Escherichia coli: a study based on Mexican isolates. Infection, Genetics and Evolution. on line .doi.org/10.1016/j.meegid.2012.09.003,
  68. V Souza, LE Eguiarte, M Travisano, JJ Elser, C Rooks, JL Siefert, 2012, Travel, Sex, and Food: What's Speciation Got to Do with It? Astrobiology 12 (7), 634-640. doi:10.1089/ast.2011.0768
  69. JL Siefert, V Souza, L Eguiarte, G Olmedo-Alvarez, 2012, Microbial Stowaways: Inimitable Survivors or Hopeless Pioneers? Astrobiology 12 (7), 710-715. doi:10.1089/ast.2012.0833.
  70. G Bonilla-Rosso, LE Eguiarte, D Romero, M Travisano, V Souza, 2012, Understanding microbial community diversity metrics derived from metagenomes: performance evaluation using simulated data sets. FEMS Microbiology EcologyVolume 82, Issue 1, pages 37–49, DOI: 10.1111/j.1574-6941.2012.01405.x
  71. S Pajares, G Bonilla-Rosso, M Travisano, LE Eguiarte, V Souza, 2012, Mesocosms of Aquatic Bacterial Communities from the Cuatro Cienegas Basin (Mexico): A Tool to Test Bacterial Community Response to Environmental Stress. Microbial ecology, 346-358, DOI: 10.1007/s00248-012-0045-7
  72. Evan Carson, Hector Espinosa and Valeria Souza. 2013. Low mitochondrial DNA sequence variation in the microendemic Cuatro Ciénegas (Northern) platyfish Xiphophorus gordoni. in press. Western North American Naturalist.
  73. Nguyen E. López-Lozano. Karla B. Heidelberg, William C. Nelson, Felipe García- Oliva, Luis E. Eguiarte and Valeria Souza. Microbial secondary sucesión in soil microcosmos of a desert oasis in the Cuatro Cienegas Basin, Mexico. PeerJ.
  74. Gabriela Delgado, Valeria Souza, Rosario Morales, René Cerritos, Andrea González-González, José Luis Méndez, Virginia Vázquez, Alejandro Cravioto. 2013. Genetic characterization of an atypical Citrobacter freundii. Plos One, in press
  75. Silvia Pajares, German Bonilla-Rosso, Luis. E. Eguiarte and Valeria Souza. Response to long-term environmental stress of aquatic bacterial communities from the Cuatro Cienegas Basin (Mexico). Antonie Leeuwenhoek. Aceptado.
  76. 1. Gabriela Delgado, Valeria Souza, Rosario Morales, René Cerritos, Andrea González-González, José Luis Méndez, Virginia Vázquez, Alejandro Cravioto. 2013. Genetic characterization of an atypical Citrobacter freundii. Plos One, 8(9): e74120. doi:10.1371/journal.pone.0074120.
  77. Laura Espinosa-Asuar, Ana E. Escalante, Luisa I. Falcón, Germán Bonilla-Rosso, Santiago Ramírez-Barahona, Luis E. Eguiarte y Valeria Souza. 2015. Exploración de una comunidad microbiana del Canal de Yucatán mediante tres métodos moleculares. Hidrobiológica 24(3) 257-270.
  78. Yareni Perroni; Felipe García-Oliva; Valeria Souza, 2015 Plant species identity and soil P forms in an oligotrophic grassland-desert scrub system.f Journal of Arid Environments 108:29-37. doi:10.1016/j.jaridenv.2014.04.009
  79. Yareni Perroni, Felipe Garcia Oliva, Yunuen Tapia-Torres y Valeria Souza. 2014. Relationship between soil P fractions and microbial biomas in an oligotrophic grassland-desert scrub system. Ecol. Res. 29: 463-472. DOI 10.1007/s11284-014-1138-1
  80. Pajares S. Eguiarte L., V. Souza. 2015 Multivariate and phylogenetic analyses to assess the response of bacterial mat communities from an ancient aquatic ecosystem to different scenarios of climate change. Plos One. DOI:10.1371/journal.pone.0119741
  81. Morena Avitia, Ana E. Escalante, Eria A. Rebollar, Alejandra Moreno-Letelier, Luis E. Eguiarte1 and Valeria Souza. 2015. Common population expansions in coexisting bacterial lineages revealed by genetic evidence. PeerJ 2:e696 http://dx.doi.org/10.7717/peerj.696
  82. Z. Lee, L. Steger, J. Corman, A. Poret-Peterson, V. Souza and J. Elser. 2015. Stoichiometrically inbalanced shallow ponds in the Cuatro Cienegas Basin is highly sensitive to nutrient enrichement. 2015 Plos One doi:10.1371/journal. pone.0123949
  83. Eneas Aguirre-von-Wobeser, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza and Gloria Soberón-Chávez. 2015. Theoretical analysis of the cost of antagonistic activity for aquatic bacteria in oligotrophic environment. Frontiers in Microbiology
  84. Gabriel Yaxal Ponce-Soto, Eneas Aguirre-von-Wobeser, Luis E. Eguiarte, James J. Elser, Zarraz M.-P. Lee, Valeria Souza. 2015. Enrichment experiment reduces diversity and changes microbial interactions in an ultra-oligotrophic environment. Frontiers in Microbiology.
  85. Yunuen Tapia-Torres, J. Elser, V. Souza and F. Garcia-Oliva. 2015. Ecoenzymatic stoichiometry at extremes: How microbes cope with an ultraoligotrophic desert soil. Soil Biology and Biochemistry 87 (2015) 34-42 doi.org/10.1016/j.soilbio.2015.04.007.
    Espinosa-Asuar L., Escalante A.E., Gasca-Pineda J., Blaz J., Peña L. E., Eguiarte L. E., and Souza V. 2015 Aquatic bacterial assemblage structure in Pozas Azules, Cuatro Ciénegas Basin in México: deterministic vs. stochastic processes International Microbiology. doi:10.2436/20.1501.01.240.
  86. Evan W. Carson, Valeria Souza, Hector Espinosa-Pérez, and Thomas F. Turner. 2015. Mitochondrial DNA diversity and phylogeography of Lucania interioris inform biodiversity conservation in the cuatro ciénegas basin, México. Western North American Naturalist 75(2), © 2015, pp. 200–208.
  87. Valdivia-Anistro, J., Delgado, G. 2, Márquez, P. , Gasca-Pineda, J. 1, Learned, J. , Eguiarte, L.E. , Olmedo, G., Elser, J.J. and Souza, V. 2016. Variability of rRNA operon copy number and growth rate dynamics of Bacillus isolated from an extremely oligotrophic aquatic ecosystem. Frontiers in microbiology. doi: 10.3389/fmicb.2015.01486
  88. Zulema Gómez-Lunar, Ismael Hernández-González, María Dolores Rodríguez-Torres, Valeria Souza, Gabriela Olmedo-Alvarez 2016. Microevolution analysis of Bacillus coahuilensis unveils differences in phosphorus acquisition strategies and their regulation
    Frontiers in microbiology.: doi:10:3389/fmicro.2016.0005
  89. P. Velez, L. Eguiarte, J. Gasga, V. Souza. 2016 Microfungal oasis in an oligotrophic desert: diversity patterns and community structure in freshwater systems in Cuatro Ciénegas. PeerJ 4:e2064DOI 10.7717/peerj.2064
  90. Tapia-Torres, Y., M.D. Rodríguez-Torres, A. Islas, J. Elser, V. Souza, G. Olmedo-Álvarez and F. García-Oliva 2016. How to live with phosphorus scarcity in soil and sediment: lessons from bacteria. Applied and Environmental Microbiology. Doi: 10.1128/AEM.00160-16
  91. N. Hernández-Becerra, Y. Tapia-Torres, O.Beltrán, J. Blaz-Sánchez, V. Souza, F. Garcia-Oliva. 2016. Agricultural land-use change in a Mexican oligotrophic desert depletes ecosystem stability. PeerJ DOI 10.7717/peerj.2365
  92. Pajares, Silvia; Escalante, Ana; Noguez, Ana; Souza, Valeria; Eguiarte, Luis; García-Oliva, Felipe; Martínez, Celeste; Cram, Silke. 2016. Small-scale spatial heterogeneity in arid soils: microbial diversity and soil nutrients evidence. PeerJ Doi 10.7717/peerJ.2459
  93. Silvia Pajares, Brendan J. M. Bohannan, Valeria Souza. 2016. Editorial: The role of microbial communities in tropical ecosystems Frontiers in microbiology. doi: 10.3389/fmicb.2016.01805

     Tesis

Tesis concluidas licenciatura:

  1. Martha Rocha Munive. Bióloga. "Estructura genética de poblaciones naturales de Escherichia coli en mamíferos silvestres". Facultad de Ciencias. soy su directora de tesis Abril, 1996.
  2. Valérie Béatrice Bouchet López. Bióloga. “ Estructura genética de Rhizobium etli, durante un ciclo de siembra (1994), en Calpan, Puebla.”. Mención honorífica, Facultad de Ciencias. soy su directora de tesis Enero, 1997.
  3. Aldo Valera Vázquez “Influencia de las actividades agrícolas sobre la estructura genética de Rhizobium etli en simbiosis con Phaseolus vulgaris y P. coccineus”. Facultad de Biología de la Universidad Autónoma de Michoacán, soy su directora de tesis Agosto, 1997.
  4. René Cerritos Flores. “Análisis jerárquico en la estructura genética de Escherichia coli asociada a murciélagos de la república Mexicana. Facultad de Ciencias. Directora de tesis Enero, 1998.
  5. Antonio Cruz Diversidad genética de E. coli en ambientes secundarios en la república mexicana. licenciatura en Biología, Facultad de Ciencias, UNAM, soy su directora de tesis, Enero, 2002.
  6. Jaime Gasca. Genética de poblaciones de dos variedades de Rhizobium etli asociado a frijol en Michoacán. Noviembre 2004.
  7. Lucianna Raggii. Diversidad microbiana en la chapopotera de Campeche. Licenciatura en Ciencias Biomédicas Básica. Septiembre 2005.
  8. María Rebolledo. Evolución experimental en Pseudomonas de Cuatro Ciénegas. Se puede cambiar el nicho? F. Ciencias. UNAM. Julio 2011.
  9. Víctor Manuel Sosa Jiménez. Diversidad de linajes de bacterias cultivables en dos comunidades contrastantes en Cuatro Ciénegas Coahuila. noviembre 2011.
  10. Carlos José Moreno Fontalba (2016) Ecología de las interacciones entre bacterias en Cuatro Ciénegas, Coahuila, México. Trabajo de fin de Master para obtener el título de Master universitario en biología avanzada. Universidad de Sevilla, España. Facultad de Biología. Fecha de examen: 20 de septiembre del 2016.
  11. Pedro Márquez Zacarias. PArametros de crecimiento de Bacillus aislados del sistema oligotrófico de Cuatro Ciénegas. Lic. En investigación Biomédica Básica. Octubre 17, 2016.

Tesis concluídas maestría:

  1. Claudia Verónica Silva Romero. "Estructura genética de Rhizobium etli en San Miguel Acuexcomac, Puebla, México". Maestría en Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales) Facultad de Ciencias Septiembre 1998. Directora de tesis
  2. Marta Graciela Rocha Munive. "Plásmidos en Escherichia coli y su importancia en la evolución de la patogénesis" Maestría de la Facultad de Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales) UNAM, Febrero 1999.
  3. Luisa Sandner. Evolución del locus LEE en Escherichia coli asociada a humanos y mamíferos silvestres. Maestría de la Facultad de Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales) UNAM, 27 septiembre 2001.
  4. Gloria Solís. Análisis del gen regulador de la respuesta a estres por calor rpoH en cepas de Escherichia coli aisladas de diferentes hospederos. Maestría de la Facultad de Ciencias (Ecología y Ciencias ambientales) UNAM, soy su coautora junto con la Dra. Carmen Gómez Eicheman. Enero 2002.
  5. Laura Espinosa. Estructura de las comunidades de clonas ambientales en Cuatro Ciénegas Coahuila. Maestría en Ciencias Biomédicas. Enero 2005.
  6. Antonio Cruz. Biogeografía de islas en la microbiota cultivable de Cuatro Ciénegas, Coahuila, Maestría de Ciencias Biológicas, Marzo 2009.

Tesis concluidas doctorado

  1. Claudia Verónica Silva Romero. "Genética de poblaciones y evolución molecular de Rhizobium etli y Rhizobium galicum". Doctorado en Biomédicas. Julio 2003. Directora de tesis.
  2. Amanda Castillo. Evolución molecular del Locus LEE en E. coli. Estudiante de Doctorado en Ciencias Biomédicas. Noviembre 2005. Directora de tesis.
  3. Ana Escalante ¿Por qué hay tantas especies microbianas en el agua de Cuatro Ciénegas Coahuila, análisis multi-escalar de Pseudomona spp. agosto 2008. Directora de tesis.
  4. René Cerritos. Por una definición de especie microbiana: el caso de Bacillus en Cuatro Ciénegas Coahuila. Julio 2008. Directora de tesis.
  5. Eria Rebollar Caudillo. aceptada agosto 2007 doctorado. Exiguobacterium como modelo para entender la relación del ambiente con los procesos evolutivos en bacterias en el valle de Cuatro Ciénegas, Coahuila. Agosto 2012. Directora de tesis.
  6. German Bonilla Rosso. diversidad y función en metagenomas. Octubre 2012. Soy su directora de tesis, posgrado en biomédicas.
  7. Ngyugen Esmeralda López-Lozano. Efecto de la perturbación en la resiliencia de la microbiota del suelo del Churince, Cuatro ciénegas Coahuila. Enero 2013. Soy su directora de tesis, posgrado en biomédicas.
  8. Andrea Gonzalez. Estructura poblacional de Escherichia coli en México. Soy su directora de tesis, posgrado en biomédicas. Mayo 2013.
  9. Gabriela Delgado aceptada agosto 2002 doctorado ciencias biomédicas con sede en Medicina e inicialmente con el Dr. Alejandro Cravioto de Tutor. Citrobacter un genoma dinamico, transferida de tutor en agosto 2007. Recibio el doctorado el 12 de noviembre 2014.
  10. Morena Avitia Cao aceptada agosto 2007 doctorado ciencias biomédicas. Estructura genética de Bacillus coahuilensis y especies cercanas en el Valle de Cuatro Ciénegas, Coahuila. Recibió el grado el 20 de abril 2015.
  11. Laura Espinosa Asuar. Ecología molecular microbiana: estudios de comunidades y biogeografía en sistemas acuáticos. Recibió el doctorado el 22 de mayo, 2015.
  12. Jorge Antonio Valdivia. Aceptado en el posgrado de Biológicas con la tesis. Respuesta evolutiva del grupo Bacillus a la escasez de fósforo. ¿Tiene razón la teoría estequiométrica de optimización de la tasa de crecimiento? Obtiene el grado de doctor el 22 de Noviembre 2016.

Tesis dirigidas en proceso licenciatura

  1. Paola Angélica Vázquez. diversidad en fototrofas anaerobicas cultivables de Cuatro cienegas Coahuila. inició en julio 2012.
  2. Liliana Rodríguez García. Diversidad de Vibrio en Churince Cuatro Ciénegas. UAM Xochimilco.

Tesis dirigidas en proceso maestría

  1. Alan Enrique Heres Rojas. Estudio comparativo de la diversidad microbiana en cultivos de camarón en el Pacífico Norte, México. inicio agosto 2014.
  2. Benjamin Christian Correa. Biodiversidad de la familia Vibrionacea en las Américas. inicio en agosto 2016.

Tesis dirigidas en proceso doctorado

  1. Morena Avitia Cao aceptada agosto 2007 doctorado ciencias biomédicas. Estructura genética de Bacillus coahuilensis y especies cercanas en el Valle de Cuatro Ciénegas, Coahuila.
  2. Gabriela Delgado aceptada agosto 2002 doctorado ciencias biomédicas con sede en Medicina e inicialmente con el Dr. Alejandro Cravioto de Tutor. Citrobacter un genoma dinamico, transferida de tutor en agosto 2007.
  3. Gabriel Yaxal Ponce Soto. Carrera armamentista en Pseudomonas. Ciencias Biológicas 2011
  4. Mirna Vazquez Rosas. Genomica de poblaciones en Pseudomonas de Cuatro Cienegas Coahuila. Ciencias biomñedicas 2012.
  5. Valerie Yselle de Anda. ciclo del azufre. metagenomica de la conservación en cuatro cienegas Coahuila. Ciencias biomédicas 2013.
  6. Manuel García Ulloa-Gamis. Evolución in situ de PSeudomona a lo largo de 13 años de cambios en el humedal del Churince. ingresó en agosto 2015.
  7. Mariette Viladomat Jasso. Caracterización de la poza de genes fotosintéticos en Cuatro Ciénegas. Inica en agosto 2016, Doctorado en Ciencias Biomédicas.

 

  Becas y Distinciones académicas

PRIDE: "D"

SNI: III

2012

Premio mentes Quo, ciencias naturales

2010

Premio VW por Amor al planeta

2006

Premio Nacional de Conservación Categoría de Investigación. Otorgado por SEMARNAT

Premio Sor Juana Ines de la Cruz, Instituto de Ecología. Otorgado por la UNAM

De mayo 2005 a la fecha
Profesor asociado adjunto de la Universidad de Houston

2006-2008
Miembro electo de la Comisión Dictaminadora de Biología en la Facultad de Ciencias, UNAM

De marzo de 2005 a junio 2008
Secretaria Académica del Instituto de Ecología UNAM

De septiembre 2002 a la fecha
Miembro del SIN nivel II

De julio de 1996 a septiembre de 2002
Miembro del SNI nivel I

Desde junio 1990
Miembro candidato del Sistema Nacional de Investigadores (SIN)

De 2003 a la fecha
Nivel PRIDE “D”

De 1997 a Septiembre 2003
Nivel de PRIDE “C”

De julio 1994 hasta junio 1997
Fellowship de la fundación MacArthur

     

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